A Vila de São Francisco da Barra do Sergi do Conde foi solenemente instalada em 16 de fevereiro de 1698, pelo Dr. Estevão Ferraz de Campos, Desembargador dos Agravos e Apelações, Crimes e Cíveis da Relação do Brasil.
Quando foi inaugurada pertenciam ao seu território as freguesias de Nossa Senhora da Purificação do Sergi do Conde, Nossa Senhora do Monte Recôncavo e Nossa Senhora do Socorro do Recôncavo, todas criadas em 1608, pelo Bispo Dom Constantino Barradas. Posteriormente foram instituídas as de Nossa Senhora de Madre de Deus do Boqueirão e a de São Gonçalo do Amarante, na sede da Vila, em 1696, pelo Arcebispo D. João Franco de Oliveira. Em 1718 foi criada a de São Sebastião das Cabaceiras do Passé, pelo Arcebispo, D. Antônio Correia.
Depois a Vila de São Francisco da Barra de Sergi do Conde passou a ser simplesmente denominada Vila de São Francisco e com esse nome foi, pelo Decreto nº 10724, de 30 de março de 1938, elevada à categoria de cidade.
Com essa denominação permaneceu até 1943, quando pelo Decreto nº 141, de 31 de dezembro, foi transformado para São Francisco do Conde.
